Entra a far parte della squadra nella terza stagione, in sostituzione dell'agente Greenaway. Emily si presenta alla BAU con dei documenti
che attestano il suo ingresso nella squadra. Questo sorprende sia Hotch che Gideon, nessuno dei due aveva infatti firmato per il trasferimento.
Figlia di un'ambasciatrice, conosce Hotchner prima di entrare a far parte della BAU, quando l'agente faceva da scorta a sua madre.
Laureata a Yale, sa parlare abbastanza bene il russo e l'arabo, a causa delle lunghe permanenze con la madre in terre straniere. Conosce anche un po'
d'italiano, di russo e di spagnolo.
Entra ufficialmente a far parte della squadra nell'episodio 2x10 - L'ora della preghiera, dove viene mandata da Hotch a seguire un'indagine al carcere di massima sicurezza di Guantanamo insieme a Gideon e Reid, per dimostrare la sua competenza.
Il caposezione Erin Strauss le chiede alla fine della seconda stagione di screditare Hotch, ma Emily preferisce dimettersi piuttosto che gettare fango. Sarà proprio Aaron a chiederle di rientrare a far parte del team, seguendolo a Milwaukee per aiutare la squadra in difficoltà dopo l'abbandono di Gideon, nell'episodio 3x02 - Nel Nome del Sangue.
Nell'episodio 4x03 - Fede Cieca viene presa in ostaggio insieme a Reid da Benjamin Cyrus, interpretato da Luke Perry. Quando Cyrus scoprirà che nel ranch è presente un agente dell'FBI, penserà immediatamente a Reid, ma Prentiss si dichiara coraggiosamente e subisce un pestaggio. Reid si sente colpevole di tutto ciò, ma Emily chiarisce ogni eventuale dubbio, dicendo che è soltanto colpa di Cyrus.
Nell'episodio 4x17 - Demonology, Emily scopre che un suo caro amico, Matthew, è morto in circostanze non chiarissime, e a quanto sembra a causa di un esorcismo. La donna chiede a Hotch il via libera per poter indagare, visto che potrebbero esserci altre due vittime. Aaron farà tutto ciò che è in suo potere per assumere il caso, anche se non è di competenza della BAU. Quando Hotch le dice che non possono indagare oltre e le suggerisce di prendersi un po' di tempo, Rossi decide di aiutarla. Emily gli confida che quando era adolescente, si trovava a Roma a causa del lavoro della madre, e tutto ciò di cui aveva bisogno era soltanto un po' d'attenzione e stabilità
Dave capisce che la donna era rimasta incinta, e Emily rivela che Matthew l'aiutò nell'abortire, ma che la famiglia di lui non la vide mai di buon occhio, in quanto si trattava di persone estremamente religiose. Da quel momento in poi, Emily si sentì responsabile del cambiamento avvenuto in Matthew, che iniziò a dubitare della sua fede e abusò di sostanze stupefacenti.
Prentiss riesce grazie all'aiuto del team ad arrestare il colpevole della morte di Matthew, e a chiudere con il suo passato.